Уже тот факт, что прошлым летом капитализация ЮКОСА достигла $20 млрд. и эта нефтяная компания стала крупнейшей российской корпорацией, не мог не настораживать Путина. Президент подозревал, что чрезвычайная экономическая мощь может вызвать появление политических амбиций. Кроме того, по мнению Малютина, президента РФ тревожили связи Михаила Ходорковского со Всемирным еврейским конгрессом и стоящим за ним международным капиталом.
В феврале Ходорковский получил первое предупреждение, когда Путин резко оборвал его во время встречи. Но олигарх не заметил предупреждения, а развернул публичную кампанию по своему выдвижение на пост премьер-министра. Более того, он публично объявил, что финансирует «Яблоко», и одновременно дал денег КПРФ. Затем Ходорковский позволил себе публичные рассуждения о желательном раскладе политических сил в Государственной Думе. ВсЈ это заставило президента сделать вывод, что Ходорковский хочет стать главой правительства не за ценой президентского расположения, а через договорЈнности с политическими элитами. По мнению Малютина, недавнее голосование в Думе о доверии кабинету Михаила Касьянова, проходившее по инициативе «Яблока» и КПРФ, было инспирировано именно Ходорковским.
В итоге Путин вынес олигарху второе публичное предупреждение – на июньской пресс-конференции. Президент напомнил крупному капиталу, который, по его убеждению, вывозит средства и не желает платить налоги, о судьбе Гусинского и Березовского, заявив: «Иных уж нет, а те далече». Теперь Путин приводит свою угрозу в исполнение. Другим фактором, приведшим к опале Ходорковского, стало то, что «ленинградские чекисты» убедили президента: «Об участи Гусинского и Березовского уже забыли – пора снова власть употребить».
